Zo’n 25 jaar geleden zette Wouter Beke zijn eerste stappen in de politiek.
Bij de gemeenteraadsverkiezingen van 2000 nam hij voor het eerst deel aan lokale verkiezingen, werd verkozen tot gemeenteraadslid en werd begin 2004 schepen van Sociale Zaken in Leopoldsburg. Bij de gemeenteraadsverkiezingen van 2006 werd Wouter als lijsttrekker verkozen met 1.579 stemmen, wat resulteerde in een mandaat als 1e schepen en schepen van Financiën, Ruimtelijke Ordening en Onderwijs. In 2012 werd CD&V de grootste partij van Leopoldsburg, behaalde Wouter 2.082 stemmen en werd burgemeester. In 2018 bevestigde CD&V als grootste partij en werd Wouter opnieuw voorgedragen als burgemeester. Einde 2023 sloot Wouter een kartel met de lokale lijst PRO af. Omdat de partij hem gevraagd had de Europese lijst te trekken schoof Wouter zijn schepen Marleen Kauffmann naar voor als lijsttrekker en kandidaat-burgemeester. Wouter zal vanop de tweede plaats zijn volle steun verlenen.
Kort nadat Wouter in 2000 zijn eerste stappen in de lokale politiek had gezet, werd hij ook gevraagd door de toenmalige CVP-leiding om zijn schouders onder het vernieuwingsproject te zetten dat de partij moest omvormen naar CD&V. Zo werd hij in 2001 voorzitter van de congrescommissie die dit vernieuwingscongres inhoud moest geven.
Toen Yves Leterme in 2003 voorzitter van CD&V werd, vroeg hij Wouter om ondervoorzitter te worden. Wouter schreef als ondervoorzitter zijn eerste politiek boek, De mythe van het vrije Ik, en ontpopte zich op die manier als de ideoloog van de partij. Ook de succesvolle ‘respect’-campagne waarmee Yves Leterme in 2004 naar de verkiezingen zou gaan, kwam uit zijn koker.
Tijdens het voorzitterschap van Jo Vandeurzen en voorzitter a.i. Etienne Schouppe bleef hij ondervoorzitter om in maart 2008 tijdelijk zelf aan het roer te komen van CD&V. Voor deze interim periode kreeg hij algemene waardering. Marianne Thyssen vroeg hem dan ook opnieuw ondervoorzitter van de partij te worden toen zij in 2008 als voorzitter werd gekozen. Ze vroeg hem ook de studiedienst CEDER te leiden. Als directeur van de studiedienst schoof Wouter mee aan de Vlaamse regeringsonderhandelingen van 2009.
In 2004 werd Wouter senator in opvolging van Stefaan De Clerck. Bij de federale verkiezingen van juni 2007 raakte Wouter rechtstreeks verkozen in de Senaat. Hij werd er voorzitter van de commissie Financiën en Economie en zetelde namens de Senaat in het Beneluxparlement waar hij voorzitter was van de commissie Buitenlandse Zaken. Bij de verkiezingen van 2010 werd hij opnieuw rechtstreeks tot senator verkozen.
In datzelfde jaar volgde Wouter Marianne Thyssen op als voorzitter ad interim van de partij. Eind 2010 stelde hij zich officieel kandidaat. Hij werd door meer dan 25.000 leden met 98,73 % verkozen. Als partijvoorzitter onderhandelde hij mee de langste regeringsvorming ooit (2010-2011). Hij werd door koning Albert II aangeduid als Koninklijk Onderhandelaar en bereidde vanuit die opdracht de zesde staatshervorming voor. Het zou de basis worden voor de splitsing van het kiesarrondissement Brussel-Halle-Vilvoorde, een nieuwe financieringswet voor ons land en een overdracht van 17 miljard euro aan bevoegdheden naar de regio’s. Nadien zou hij voor zijn partij onderhandelen voor een nieuwe regering, de regering Di Rupo I (2011-2014).
Intussen leidde hij zijn partij naar de lokale verkiezingen van 2012 en de Vlaamse, federale en Europese verkiezingen van 2014. Beide verkiezingen waren een succes: CD&V bleef afgetekend de grootste partij in de steden en gemeenten in 2012 en boekte in 2014 winst bij de verkiezingen.
In 2014 smeedde hij een strategische alliantie met de MR wat de basis zou legen voor de regering Michel (2014-2019).
Als partijvoorzitter organiseerde hij ook twee belangrijke en succesvolle congressen, namelijk het innestocongres van 2013 en het nieuwe wijcongres van 2016. Met zijn boek 'Het moedige midden' positioneerde hij CD&V als een verantwoordelijke centrumpartij. Het zou de basis worden voor de verkiezingscampagne van 2014.
In 2013 was zijn eerste termijn van drie jaar als voorzitter afgelopen. Hij stelde zich opnieuw kandidaat en werd met meer dan 98% verkozen. In 2016 herhaalde hij dit met eenzelfde uitslag.
In 2019 schreef hij zijn boek ‘De revolutie van de redelijkheid’ waarin hij een pleidooi hield voor meer levenskwaliteit en geborgenheid. Het zou de inhoudelijke basis worden voor de verkiezingscampagne ‘De weg vooruit’. Die campagne kwam echter in een slecht daglicht te staan door de val van de regering over het VN-Migratiepact. Het zorgde voor een stevige verkiezingsopdoffer voor alle regeringspartijen.
Na de parlementsverkiezingen van 2019 volgde hij Kris Peeters die Europees Parlementslid werd, op als federaal minister van Werk, Economie en Consumentenzaken. Bij de vorming van de Vlaamse regering Jambon werd hij minister van Welzijn, Volksgezondheid, Gezin en Armoedebestrijding. In september 2020 werd hij voorzitter van de interministeriële conferentie Volksgezondheid en lanceerde vanuit die functie een succesvolle vaccinatiecampagne. Volgens een OESO-rapport in 2023 zou deze campagne maar liefst 13.000 overlijdens hebben weten te voorkomen.
Na het overlijden van een baby in een crèche en het dysfunctioneren van het Agentschap Opgroeien nam Wouter ontslag als minister. Hij keerde terug als burgemeester en Kamerlid. Hij werd actief in de commissie Financiën waar hij zich tot begrotingsspecialist ontpopte en volgde ook de commissies Defensie, de commissie die de militaire buitenlandse missies opvolgt en de commissie legeraankopen.
In oktober 2023 werd hij door de Nationale Partijraad van CD&V aangeduid als lijsttrekker bij de Europese verkiezingen in 2024.